แต่ ละขั้นตอนของโปรแกรมไม่มีการใช้ยา หรือสารเสพติดใดๆ ทั้งสิ้น นาโคนอนไม่ใช้ยา หรือสารเสพติดในการบำบัดรักษา แต่บำบัดรักษาโดยการใช้หลักโภชนาการ และอาหารเสริม (วิตามิน และแร่ธาตุ ต่างๆ) เป็นหลักสำคัญในโปรแกรมการบำบัดฟื้นฟู ดังนั้นโปรแกรมการบำบัดของนาโคนอน จึงไม่ใช่โปรแกรมการเข้าพบ “จิตแพทย์” หรือ “แพทย์แผนปัจจุบัน” แต่เป็นโมเด็ลการบำบัดที่เป็นการศึกษาให้สามารถเกิดการเปลี่ยนแปลงตนเองได้ มากกว่า

บุคคลที่สนใจมารับบริการ โปรแกรมการบำบัดของนาโคนอน จะได้รับการตรวจเช็คร่างกาย จากแพทย์ และมีใบรับรองให้เข้าโปรแกรมก่อน ในช่วงที่ยังอยู่ในโปรแกรมของการบำบัดฟื้นฟู ผู้รับบริการบางคนอาจจะต้องเข้ารับการตรวจเช็จสุขภาพร่างกาย จากแพทย์เป็นระยะ อย่างไรก็ตามนาโคนอนถือว่า ผู้เข้ารับโปรแกรมการบำบัดฟื้นฟูมิใช้คนไข้ แต่ถือว่าเขาเหล่านั้นเป็น นักเรียน ที่เข้ามาเรียนรู้ เพื่อให้สามารถกลับมาควบคุมตัวเองได้อีกครั้ง นักเรียนที่เข้ามาใช้บริการนาโคนอน จะไม่ต้องใช้ยาเพื่อการบำบัด แต่เข้ามาเพื่อศึกษาข้อมูลที่เขาไม่ทราบมาก่อน เขาจะเผชิญหน้ากับทุพลภาพที่เขาได้รับจากการใช้สารเสพติด และนำความรู้ที่ได้รับจากการเข้าโปรแกรมมาปฎิบัติใช้แทนในชีวิตประจำวัน เจ้าหน้าที่ของนาโคนอน จะมีการเตรียมความพร้อมให้กับนักเรียนที่กำลังจะสำเร็จโปรแกรม สามาถดำเนินชีวิตในสังคมได้อีกครั้ง โดยจุดมุ่งหมายสูงสุดในโปรแกรมของนาโคนอน คือ ผู้ที่เข้ารับการบำบัดสามาถดำรงชีวิตอยู่ในสังคมได้ด้วยตัวเอง มีคุณธรรม โดยปราศจากการพึ่งยา และสารเสพติด ตั้งแต่เวลานั้นเป็นต้นไป ผู้ที่สำเร็จในหลักสูตรจากศูนย์นาโคนอน ไม่ต้องไปเข้าร่วมประชุมทุกอาทิตย์ เป็นเวลาหลายๆเดือน ดังเช่นที่โปรแกรมอื่นๆ ต้องปฎิบัติกัน ในโปรแกรมของนาโคนอนนักเรียนไม่ใช่ กำลังอยู่ในระห่วางการบำบัดฟื้นฟู แต่เขาคือ ผู้ที่ได้รับการบำบัดแล้ว เขาได้รับการฟื้นฟูจากสภาพของผู้ติดยา ให้กลับกลายมาเป็นบุคคลที่พร้อมจะเผชิญหน้ากับการใช้ชีวิตใหม่อีกครั้ง